发酵是将樱桃汁中的糖分经酵母的作用产生酒精和二氧化碳，樱桃酒的前发酵过程是皮汁混在一起的，酵母在樱桃破碎时已接入汁中发酵的温度最好在15~25℃，不应超出35℃，但用小型容器发酵，散热较容易，一般可以达到不超过32℃。

当樱桃汁装入容器后，一般经过一天即可开始发酵。液面开始是平静，这时已有微弱的二氧化碳气泡产生，表示酵母已开始繁殖，经过2~3天有大量二氧化碳放出，皮渣上浮结成一层帽盖，口尝果汁，甜味渐减，酒味渐增。

发酵时每天应将上浮的樱桃用消毒筷子压到汁内两次，这样做一方面防止樱桃生霉，变酸，同时可将皮上的色素浸入汁中，且排出CO2，使酵母得到氧气，发酵更旺盛。

高潮后，发酵势头开始减弱，此时可以进行加糖，加糖是用樱桃原酒来溶解，而不要用水化糖后再加入，等白糖完全溶解后，继续在容器中进行发酵，最后二氧化碳放出至微弱而接近平静，酒精味很浓、糖分减少至1%以下，汁液开始清晰，即为发酵结束，进行压榨，将皮汁分离。